Homöopathische Therapie kann individualisiert oder nicht-individualisiert erfolgen: Individualisierte Homöopathie umfasst eine eingehende Befragung der Patienten zur Art ihrer Krankheitssymptome, anderer Beschwerden usw., um jeweils eine dazu passende „individualisierte“ homöopathische Behandlung auszuwählen. Nicht-individualisierte Homöopathie erfolgt nach anderen Kriterien und erfordert weniger Zeitaufwand.

In einer randomisierten, Placebo-kontrollierten klinischen Homöopathiestudie werden die Patienten durch ein spezielles Verfahren zufällig (Engl. „random“) an eine Behandlungs- und eine Kontrollgruppe verteilt. Durch die Zufallsverteilung sollen andere Faktoren, die zusätzlich zu der Behandlung das Studienergebnis beeinflussen könnten (z.B. Dauer und Schweregrad der zu behandelnden Erkrankung) in beiden Gruppen gleich verteilt werden. –  Die Behandlungsgruppe erhält ein homöopathisches Arzneimittel (Homöopathikum), die Kontrollgruppe erhält eine Placebo-Substanz, die möglichst exakt gleich wie das Homöopathikum aussieht, im Munde schmeckt usw. Zweck der Placebobehandlung ist es, dass beide Patientengruppen nicht wissen sollen, welche Therapie sie erhalten, so dass eventuelle psychologische Faktoren, die das Studienergebnis beeinflussen könnten (z.B. die Erwartung einer Besserung), in beiden Gruppen gleich verteilt sind, ebenso auch sonstige Therapiekomponenten (z.B. Erhebung der Krankengeschichte, Untersuchung, Aufklärung und Beratung). Deswegen sollen möglichst nicht nur die Patienten, sondern auch die Ärzte bzw. Therapeuten und sonstige an der Datenerhebung beteiligte Personen über die Zugehörigkeit der Patienten zur Homöopathie- bzw. Placebogruppe „verblindet“ sein (Doppelblindstudie).

Als klinisches Studienergebnis werden zum Beispiel die Anzahl gebesserter Patienten oder das Ausmaß der Besserung (nach vorab festgelegten Kriterien) in den zwei Gruppen gemessen. Der Therapieeffekt des Homöopathikums ist der Unterschied der zwei Gruppen, d.h. das Therapieergebnis in der Homöopathiegruppe abzüglich des Ergebnisses in der Placebogruppe, nach festgelegten Berechnungsverfahren wie Subtraktion, Division usw. Das Ergebnis enthält u.a. ein Maß für die Größe des Unterschieds (Effektgröße) und ein Maß für die statistische Signifikanz. Ein Unterschied bzw. Therapieeffekt gilt als signifikant, wenn die Wahrscheinlichkeit eines statistisch zufällig vorkommenden Unterschieds weniger als 5% beträgt (p<0.05). Sowohl kleinere als auch größere Prozentwerte sind möglich. In der hier vorliegenden Übersicht werden die üblichen 5% verwendet.

In systematischen Reviews werden die Ergebnisse aller auffindbaren Studien zu einer bestimmten Fragestellung (in unserem Fall „randomisierte, Placebo-kontrollierte klinische Studien zu homöopathischen Therapieverfahren bei jeglicher Erkrankung“) zusammengestellt und bewertet. 

In Meta-Analysen werden darüber hinaus die Ergebnisse der Einzelstudien – große und kleine Studien, Studien mit statistisch signifikanten und nichtsignifikanten Ergebnissen – zu einem quantitativen Durchschnitts-Therapieeffekt zusammengefasst, ebenfalls mit Effektgröße und Signifikanz. 

In der Primäranalyse  wird das zusammengefasste Ergebnis für alle in der Meta-Analyse eingeschlossenen Studien ermittelt und dargestellt. 

Durch zusätzliche Sensitivitätsanalysen kann untersucht werden, ob der Therapieeffekt in der Untergruppe der Studien mit höherer methodischer Qualität größer ist als in der Gesamtheit der Studien, oder ähnlich oder geringer (und dann ggf. nicht mehr signifikant). Die methodische Qualität wird anhand unterschiedlicher Qualitätsindikatoren bewertet, z.B. bezüglich Zufallsverteilung der Patienten, Verblindung der Patienten und Ärzte, Umgang mit fehlenden Daten wegen Patientendropouts. Oft, aber nicht immer, zeigen methodisch bessere Studien geringere Effekte. Dies wird gerne so interpretiert, dass es in methodisch schlechteren Studien zu einer Überschätzung der Therapieeffekte komme. Es können aber auch andere Ursachen die gleiche Konstellation ergeben, z.B. bessere Therapieergebnisse durch erfahrenere Homöopathen in den „schlechteren Studien“ oder umgekehrt. Außerdem kann die Einschränkung der analysierten Studien auf solche mit höherer Qualität andere Änderungen bewirken, die ebenfalls das Ergebnis verändern, z.B. in den vorliegenden Meta-Analysen eine Änderung des Indikationsspektrums.13 Deshalb sind Ergebnisse von methodisch besseren Studien nicht notwendigerweise „korrekter“ als die Ergebnisse von Studien, die weniger Qualitätskriterien erfüllen, und man sollte immer die Ergebnisse der Primäranalyse mit berücksichtigen.